Капланкырский заповедник создан в 1979 г. в северной части Каракумов на площади 28220 гектаров. В его состав входят также Шахсенемский и Сарыкамышский заказники. Весь комплекс охраняемых территорий охватывает суровый край глинистых и отчасти песчаных пустынь, включая Сарыкамышское озеро, где гнездятся, отдыхают и кормятся 83 вида птиц — в основном, перелетных. Главное назначение заповедника — спасение находящегося на грани исчезновения устюртского барана. Кроме того, охраняются джейраны и завезенные из Бадхы- за куланы, а также мигрирующие зимой из степей Казахстана стада сайгаков. Из хищников здесь обитают каракал, медоед, волки, лисы, шакалы и дикие коты. Пресмыкающиеся представлены вараном, немногими видами ящериц и змей.Растительный покров глинистых пустынь, в частности, обширного плато Капланкыр (плато гепардов) представлен низкими полукустарниками из семейства маревых. Прибрежные пески Сарыкамыша закреплены осокой, тростником, местами черным саксаулом. Здесь насчитывается около 300 видов цветковых растений. Среди них занесенные в Красную книгу хивинская солянка и лиановидный кустарник мягкоплодник.Крайне суровые почвенно-климатические условия региона сдерживают рост поголовья промысловых живот¬ных. Коллектив заповедника ведет наблюдения за состоянием кормовой базы копытных, динамики их численности, что отражается в ежегодных «Летописях природы». Научные сотрудники много времени уделяют пропаганде мер по защите животного мира.
Фауна
В Капланкырском заповеднике зарегистрировано 26 видов млекопитающих, 147 видов птиц. Охраняемые редкие виды млекопитающих, обитающие в заповеднике, это джейран, устюртский уриал, медоед. В зимний период на территорию заповедника мигрируют стада сайгаков из соседнего Каракалпакстана. В 1980-е годы реакклиматизирован кулан. По зоогеографическому районированию территория относится к пустынно-степной подобласти Палеарктической зоогеографической области. Южный Устюрт, где расположена основная часть заповедника, входит в Устюртский район Казахской зоогеографической провинции; Сарыкамышский и Шасенемский заказники, как и примыкающие к ним Заунгузские Каракумы, относятся к Иранской провинции Среднеазиатского пустынного округа. Характерная особенность животного мира заповедника также обусловлена географическим положением резервата в зоне перехода от северных к южным типам пустынь. В отношении насекомых, в целом, можно сказать, что на глинистых равнинных участках обычны жуки, саранчовые и термиты, а в песчаных местообитаниях — москиты, муравьи, чешуекрылые; из жуков — чернотелки и долгоносики. Капланкырский заповедника также включает два заказника: Сарыкамышский заказник, площадью 210 400 га, организованный в 1980 году для охраны озёрно-прибрежных экосистем, и Шахсенемский заказник, 270 000 га, созданный в 1983 году для сохранения каменистых пустынь.