Кугитангский заповедник создан в 1986 г. с целью сохранения и восстановления экосистем Кугитанга. Расположен он на западном склоне хребта, его площадь невелика, составляя лишь 27140 гектаров. И растительный, и Животныей мир Кугитанга значительно отличаются от флоры и фауны Копетдага и Бадхыза. В недрах хребта множество карстовых пещер, сказочно украшенных сталактитами, сталагмитами и другими натечными образованиями. Столь развитого карста нет более нигде в Центральной Азии.Растительность у подножья Кугитанга выражена травами, выше — древесно-кустарниковый ярус с преобладанием зеравшанской арчи и двух видов миндаля, а у вершины господствуют колючие полукустарники.В флоре преобладают памироалайские виды, всего здесь произрастают 872 вида растений, 10% которых — эндемики, включенные в Красную книгу Туркменистана.Среди млекопитающих Кугитанга выделяются бухарский подвид горного барана, бурый медведь, туркестанская рысь и редчайший винторогий козел-мархур. Птицы представлены сотней видов, особенно интересны райская мухоловка и эндемичный браминский скворец, которые в других горах Туркменистана не водятся.Заповедник имеет три заказника: Карлюкский, Ходжапильский и Ходжабурджибелентский общей площадью 90 тысяч гектаров. На территории первого взяты под охрану знаменитые Карлюкские пещеры с подземными речками и водоемами (именно здесь обнаружена редчайшая рыбка — кугитангский слепой голец). Ходжапильский заказник знаменит четкими отпечатками гигантских лап вымерших миллионы лет назад динозавров. В третьем заказнике охраняется священная фисташковая роща Ходжа-Бурджи-Белент.Благодаря столь замечательным творениям природы самая восточная окраина Туркменистана, несмотря на ее отдаленность, неизменно привлекает туристов, спелеологов и просто романтиков.
Фауна
Заповеднику принадлежит три заказника: Карлюкский, Ходжапильский и Ходжабурджыбелентский, общей площадью около 90 тысяч га.
Карлюкский комплексный заказник площадью 40 тысяч га.
Ходжапильский ландшафтно-палеонтологический заказник площадью 31,6 тысячи га.
Ходжабурджыбелентский ландшафтный заказник площадью 17,6 тысячи га.