Он стал одним из первых заповедников созданных в Туркменской ССР. На тот момент в Туркмении было всего 2 заповедника – Репетекский созданный в 1927 году и Красноводский в 1932 году. Бадхызский заповедник основан в декабре 1941 г. по инициативе известного зоолога профессора М.И.Розанова ради спасения куланов. Еще в XVIII веке стада этих на редкость выносливых Животныех населяли равнины Центральной Азии от Приаралья на севере до отрогов Парамиза на юге. Но в первой половине XX века не более 150 голов уцелело только в Бадхызе.К 1940 году не когда многочисленная популяция кулана в региона исчезла. Небольшие стада численностью всего в 150-250 голов сохранились только в Бадхызе. После гражданской войны, продразвёрстки и прочих причин в стране разразился голод. Охота на копытных многократно возросла. Резкое сокращение копытных привело к вымиранию крупных кошачьих хищников – туранского тигра и гепарда.Организация Бадхызкого заповедника спало уцелевшую популяцию кулана в Бадхызе. В последующие годы принимались попытки по расширению ареала этого вида. Бадхызские куланы стали основой реинтродукции кулана в Капланкырском заповеднике, в Меана-Чаачинском и Курухауданском заказниках Копетдагского заповедника, популяции в Ходжакалинской и Сумбарской долинах.Бадхыз это удивительный природный объект, с специфическими для Туркменистана климатическими условиями. В отдельные годы здесь наблюдаются сильные снегопады и морозы. Распределение осадков в течении года сильно напоминает пассатный. Почти все осадки выпадают зимой-в апреле, мае, тогда, как с июня по октябрь дождей практически нет. Из-за особенностей рельефа в Бадхызе часто наблюдаются сильные ветра. Помимо кулана в заповеднике обитают горный баран архар, леопард, полосатая гиена, джейран и множество других ценных, редких Животныех. Богат и Животныей мир. Из млекопитающих, помимо кулана, здесь многочисленны джейраны и горные бараны — уриалы. Из хищников встречаются волки, полосатая гиена, каракал и редко леопард. Среди птиц выделяются черный гриф, скопа, канюк, дрофа-красотка, многочисленные стаи розовых скворцов. Рептилий — 39 видов, из которых змееящерица Чернова, серый варан, кобра и ряд других включены в Красную книгу Туркменистана. В фауне беспозвоночных заповедника обнаружено более 1300 видов насекомых, 108 из них — эндемы.
Аналогичная судьба постигла и фисташку, редколесья которой когда-то простирались в предгорьях и низкогорьях Центральной Азии. Однако, повсеместно истребленная, фисташка сохранилась в безводных районах на юге Таджикистана и в туркменском Бадхызе.Площадь Бадхызского заповедника — 87 680 гектаров. Ему принадлежат три заказника: Чеменабитский, Пулихатунский и Кызылджарский. Весной здесь расстилается яркозеленый ковер трав, украшенный цветущими маками, тюльпанами и высокорослой ферулой (семейство зонтичных). Но уже в мае наступает лето, и тогда зеленеют лишь зонтики фисташки. В это время фисташники очень напоминают африканскую саванну.В флоре заповедника насчитывается около 700 видов растений, среди которых есть эндемы, то есть встречающиеся только в этом уголке планеты: курчавка бадхызская, инжир афганистанский, кушкинский тюльпан, крайне редкая мелкоягодная фисташка бадхызская и ряд других видов.
Флора и Фауна
Богатая, разнообразная и специфическая флора Бадхыза слагается из ирано-афганских и среднеазиатских видов. На территории Бадхыза насчитывается около 1050 видов сосудистых растений, 696 видов которых находятся именно в Бадхызе. Также на Бадхызской возвышенности имеется 69 эндемичных видов, менее 60 которых встречаются на территории Туркменистана. К этим видом можно отнести тюльпан кушкинский; курчавку бадхызскую; астрагалы кушкинский, Васильченко, бадхызский; кузинию бадхызскую и фагналон Андросова. Кроме этого на территории Бадхыза можно встретить такие группировки растительности как, осочково-мятликовая, разнотравная, полынно-кустарниковая, солянковая, фисташники и саксаульники. Среди растительности заповедника в весеннее время можно встретить осочки и мятлик, основной корм для диких животных. Они вырастают раньше всех растений весной, а конце апреля и в начале мая они уже желтеют и выгорают. Кроме этого можно встретит полыни, пижмы, кузинии, луки, эспарцеты, солянки. На котловине Еройландуз встречаются в основном пустынные растения, среди которых черный саксаул и имеются участки с зарослями солянок. Пулихатынская фисташниковая роща является единственным местом, где сохранился естественный массив фисташек, площадь которого составляет более 70 тыс. га. На Бадхызе имеются редкие и исчезающие виды растений, которые были внесены в Красную книгу Туркменистана.